プロジェクトを更新し、本番サイトに反映するのであれば、コントロールパネル上でプロジェクトを公開する必要があります。
コントロールパネル右のサイトの公開へと行くには、 Webサイトを配置 ボタンをクリックしてください。
この場合、全てのアップデートが本番サイトに反映されます。
参考